Poza istotami ludzkimi, orły łysiowe mają bardzo mało naturalnych wrogów, a dorosłe orły nie mają naturalnych drapieżników. Pisklęta i jaja są czasami żerowane przez mewy, wrony, jastrzębie, sowy, inne orły, bobki, czarne niedźwiedzie i szopy.
Od kiedy gniazda orłów są często wysoko na drzewach i są bardzo duże, mięsożercy, którzy są biednymi wspinaczami, rzadko mają dostęp do jaj i młodych, a łyse orły są uważne na tyle, aby w większości przypadków chronić młodzież przed uszkodzeniem. Słaby dostęp do jedzenia może jednak pozostawić młodych bezbronnych, ponieważ rodzice muszą polować dłużej i dalej od gniazda, aby zapewnić im potomstwo.
