Głównym problemem związanym z ekoturystyką jest fakt, że kiedy więcej osób odwiedza wrażliwy ekosystem, zwiększa się prawdopodobieństwo uszkodzenia tego ekosystemu. Ponadto, ekoturystyka może zniekształcać lokalne gospodarki, powodować masową lokalną inflację i powodować, że rdzenni mieszkańcy rezygnują z tradycyjnych środków utrzymania na rzecz miejsc pracy w sektorze usług.
Ekoturystyka może być cennym narzędziem do ochrony zagrożonych roślin i zwierząt. Światowa uwaga, jaką przyciąga ekoturystyka, może podnieść świadomość gatunków na krawędzi, a odwiedzający mogą wnieść bardzo potrzebne fundusze na programy ochronne. Jednak wraz ze wzrostem dolarów turystycznych, podobnie jak zagrożenie dla środowiska.
Zwykła liczba odwiedzających może powodować problemy z wyczerpywaniem zasobów i zanieczyszczeniami. Potrzeba tworzenia szlaków i obiektów dla odwiedzających może zniszczyć siedliska i wypędzić zwierzęta z dala od ich domów. Nielicencjonowani lub słabo wyszkoleni przewodnicy mogą zabierać gości na wrażliwe obszary, nie troszcząc się o dzikie zwierzęta, zwiększając ryzyko obrażeń. W niektórych przypadkach gatunki będące w centrum przyciągania ekoturystyki mogą stać się celem kradzieży i przemytu, zapewniając czarne zwierzęta na rynku dla zamożnych cudzoziemców.
Ekoturystyka może mieć również negatywny wpływ na lokalne gospodarki. Firmy świadczące usługi turystyczne mogą oferować lepsze miejsca pracy niż tradycyjne zawody w społeczności, pozbawiając miasta i wsie usług, których mogą potrzebować. W obszarach pierwotnych może to zniekształcić lokalną gospodarkę do tego stopnia, że społeczności mogą nie być w stanie przetrwać bez stałego napływu pieniędzy i zasobów.
