Selektywna hodowla stwarza wiele zagrożeń dla psów, w tym zwiększając ryzyko wystąpienia problemów z sercem, chorobami nerek, upaleniem, niezdolnością do schłodzenia ciała, problemów ze słuchem i wzrokiem oraz zaburzeniami krwi. Selektywna hodowla może również powodować problemy emocjonalne lub neurologiczne. Niektóre rasy, takie jak Bull Terriery, mają tendencję do nieustannego ścigania swoich ogonów, podczas gdy Scottish Terrier może stracić kontrolę mięśni, gdy są podekscytowane.
Selektywna hodowla stwarza ryzyko dla małych i dużych psów. Mniejsze psy są podatne na wysokie ciśnienie krwi i nieprawidłowości szkieletowe, takie jak niewspółosiowe rzepki kolanowe, które powodują zwichnięcie rzepki. Psy większych ras mogą rozwijać złośliwe nowotwory w swoich kościach, ponieważ ich nienormalnie wysoka waga powoduje nadmierne obciążenie ich systemów szkieletowych i są one podatne na problemy ortopedyczne.
Problemy pojawiają się także wśród psów o określonych akcentach, takich jak płaskie twarze lub pomarszczona skóra. Psy o płaskich twarzach, takie jak mopsy i pekińczyk, mogą mieć krótkie i wąskie kanały nosowe, które przeszkadzają w odpowiednim oddychaniu. Psy mogą wywoływać problemy ze wzrokiem ze zmarszczonej skóry wokół oczu, podczas gdy chiński Shar-Pei i inne rasy rozwijają podrażnienia skóry i infekcje ze zmarszczek. Samice buldogów z nienormalnie wąskimi biodrami często dostarczają młodych przez cięcia cesarskie.
Niektóre rasy, takie jak portugalskie psy wodne, Standard Poodles i Basset Hounds, mają słabe układy odpornościowe. Niektóre nowotwory pojawiają się u psów z selektywną hodowlą, podobnie jak problemy z narządami i innymi chorobami.
