Struktury wewnątrz komórki eukariotycznej obejmują jądro, materiał genetyczny, błonę plazmatyczną, rybosomy i cytoplazmę. Większość komórek eukariotycznych obejmuje również wewnętrzne struktury w ich błonach, znane jako organelle. Mitochrondria, ciała Golgiego, lizosomy, retikulum endoplazmatyczne i pęcherzyki to różne typy organelli.
Komórka eukariotyczna to komórka zawierająca jądro związane z błoną. Jądro jest centrum kontrolnym komórki i czasami jest określane jako mózg, ponieważ dyktuje, w jaki sposób komórka rośnie, rozmnaża się i funkcjonuje. Informacje potrzebne do przeprowadzenia tych czynności zawarte są w długich, ciągliwych cząsteczkach kwasu dezoksyrybonukleinowego lub DNA. DNA jest chronione przez jądro. Chromosomy złożone z DNA i białek znajdują się również w jądrze chromatyny. W jądrze znajduje się także jąderko, w którym znajduje się kwas nukleinowy i białka.
Błona jądrowa zawiera pory, przez które jądro komunikuje się z innymi częściami komórki. Ta membrana kontroluje również ruch w jądrze. Rybosomy składają się z białek i RNA. Rybosomy działają w celu przekształcenia mRNA w białko. Cytoplazma to gęsty, żelopodobny płyn, który zatrzymuje składniki komórkowe w zawiesinie. Cytoszkielet jest strukturą złożoną z białka, które przenosi cząstki komórek. Cytoszkielet silnie wpływa na strukturę i funkcję komórki,