Trzon mózgu kontroluje oddychanie i częstość akcji serca, a także ciśnienie krwi i czujność. Znaleziony w górnej części kręgosłupa trzon mózgu składa się z trzech głównych części, w tym rdzenia przedłużonego, mostu i śródmózgowie. Rdzeń oblongata kontroluje częstość oddechów i serca.
Również w pniu mózgu znajduje się 10 z 12 par nerwów czaszkowych odpowiedzialnych za funkcje motoryczne i czuciowe twarzy. Centralny układ nerwowy jest również kontrolowany przez pień mózgu, podobnie jak świadomość, spanie i jedzenie. Uraz tej istotnej struktury mózgu często prowadzi do śmierci.
