Wylesianie, przekształcanie gruntów i zmiana klimatu stanowią trzy największe zagrożenia dla lasów deszczowych. Lasy tropikalne, podobnie jak inne ekosystemy, wymagają określonych warunków dla optymalnego zdrowia. Są narażeni na zniszczenia i trwałe szkody spowodowane działalnością wielu ludzi, głównie za sprawą zachęt ekonomicznych, takich jak pozyskiwanie drewna i komercyjne rolnictwo.
Wśród zagrożeń lasów tropikalnych, wylesianie stwarza wiele problemów. Wylesianie obejmuje wycinanie drzew i oczyszczanie dużych obszarów lasów deszczowych w celu wykorzystania przez ludzi. Niektórzy ludzie zbierają drzewa w lesie deszczowym, wykorzystując je do budowy i tworzenia dóbr konsumpcyjnych opartych na drewnie. Logowanie odbywa się legalnie i nielegalnie; podczas gdy zrównoważone pozyskiwanie drewna nie stanowi poważnego zagrożenia dla lasów deszczowych, nielegalne pozyskiwanie drewna zbiera żniwo. Według World Wildlife Fund, lasy deszczowe na Borneo muszą liczyć się z utratą ziemi przekraczającą 55 procent. Rosnący globalny popyt na olej palmowy, substancję znajdującą się w wielu produktach żywnościowych, napędza tempo wylesiania. Utrata ziemi pozostawia wiele rodzimych gatunków bezdomnych i bez podstawowych zasobów, co ostatecznie zagraża ich przetrwaniu. Zapotrzebowanie na pastwiska i wypas zwierząt przyczynia się również do wylesiania.
Konwersja gruntów, np. przekształcanie terenów leśnych w pola dla roślin soi i oleju palmowego, zwiększa ryzyko powodzi i pożarów w otaczających obszarach. Wychwytywanie i usuwanie drzew pozbawia wody zdolności pochłaniania lasów, a inwazja człowieka w lasach prowadzi do suchszych terenów podatnych na pożary. Wreszcie, zmiany klimatyczne, w tym większe ilości dwutlenku węgla w atmosferze i wzrost poziomu mórz, zagrażają zdrowiu lasów tropikalnych.
