Zasoby naturalne Japonii obejmują ryby, rolnictwo i niewielkie ilości metali i minerałów. Japonia wyróżnia się wysoką produkcją przemysłową i wysokim standardem życia, mimo że posiada bardzo mało zasobów naturalnych, szczególnie w tym regionie naturalnej energii.
Japonia ma znaczące wody przybrzeżne, które dostarczają krajowi ryb i innych owoców morza. Jednak popyt na ryby jest tak wysoki, że musi zostać uzupełniony importem z zagranicy. Chociaż Japonia ma niewielką ilość gruntów ornych, kraj ten ma jedne z najwyższych plonów na świecie, produkując rocznie ponad 60 procent własnej żywności. Kraj ma wystarczające zapasy złota, srebra i magnezu, ale musi importować wiele minerałów niezbędnych w rozwijającym się przemyśle elektronicznym, takim jak ruda żelaza i miedź.
Szczególnie brak wśród naturalnych zasobów kraju to jakiekolwiek źródło naturalnej energii. Japonia prawie nie ma zasobów paliw kopalnych, z niewielkimi polami naftowymi na północnych obszarach Honsiu i Hokkaido dostarczających mniej niż 1 procent krajowej ropy. Japonia jest największym na świecie importerem zarówno węgla, jak i skroplonego gazu ziemnego, a także drugim co do wielkości importerem ropy. W wyniku tego niedoboru Japonia wykorzystała swój duży zapas wody jako źródło energii, chlubiąc się jednym z największych na świecie przemysłu hydroelektrycznego.