W 2000 r. Anna Stanley rozwiodła się z mężem, Charlesem Stanleyem, który był starszym pastorem Pierwszego Kościoła Baptystów w północnej Atlancie w Georgii i założycielem In Touch Ministries. Pobrali się 44 lata .
W swojej prośbie o rozwód, Anna zacytowała swoje małżeństwo jako "bezpowrotnie złamane". Wiadomość o ich niespokojnym małżeństwie po raz pierwszy pojawiła się publicznie w latach 90. i była kontrowersyjna, ponieważ Pierwszy Kościół Baptystów miał niepisaną zasadę, która zabraniała rozwodnikom, aby zostali ministrami lub diakonami. Kiedy para się rozdzieliła, Charles obiecał ustąpić ze stanowiska pastora, jeśli miałby się rozwieść. Jednak po rozwodzie stał się ostateczny, First Baptist Church dozwolone Charles Stanley nadal służyć jako starszy pastor.
Para ma dwoje dzieci. Ich syn, Andy Stanley, jest starszym pastorem Kościoła Społeczności North Point i założycielem North Point Ministries.
