Główną obroną jaguara przeciwko przyszłym wrogom jest kamuflaż. Jednakże, jeśli są zmuszeni do ataku, jaguary są wyjątkowo dobrze uzbrojeni, aby się bronić, z potężnymi szczękami, ostrymi pazurami i dużymi, mocno umięśnionymi ciała.
Główna obrona używana przez jaguary nie jest widoczna w pierwszej kolejności. Jaguary to skryte zwierzęta z oznaczeniami na płaszcze, które naśladują pstrokate światło lasu deszczowego; to sprawia, że są niezwykle trudne do zauważenia w ich naturalnym środowisku. Ta tajemnica służy zarówno do ataku, jak i do obrony, ponieważ pozwala jaguarom być skutecznymi łowcami zasadzek.
Jaguary są także niezwykle potężnymi i przerażającymi zwierzętami. Są największym kotem w obu Amerykach i mają ukąszenia, które mogą przebijać kości. Mają też duże pazury, które służą do chwytania i cięcia zdobyczy. To stawia większość innych zwierząt w gorszej sytuacji w walce z jaguarem. Jaguary mogą również wspinać się po drzewach i pływać, co pozwala im uniknąć niepotrzebnych konfrontacji.
Ze względu na przerażającą naturę niewiele zwierząt uważa się za wrogów jaguara. W rzeczywistości ludzie są ich jedynymi drapieżnikami. Ludzcy myśliwi używają karabinów i trucizn, by zabijać jaguary, aby uniknąć ich wysoce skutecznej fizycznej obrony. Chociaż ludzie często polują lub chwytają ich w pułapkę w swoim zasięgu, jaguary rzadko atakują ludzi, nawet w samoobronie. Ich tajemnicza natura sprawia, że spotkania są rzadkością, poza kampaniami polowań.