Jaguary są zagrożone z powodu niszczenia siedlisk, polowań i prześladowań przez hodowców bydła. Są zagrożone tylko w niektórych częściach ich zasięgu, takich jak Stany Zjednoczone, Meksyk i Salwador. Mają pewne stabilne populacje, ale rozwój ludzki zagraża im wszędzie.
Jaguary wolą tropikalne, wilgotne, nizinne lasy, ale występują również na bagnach, zaroślach i innych środowiskach. Są kluczowymi członkami ich ekosystemów i są szczytowymi drapieżnikami w całym swoim środowisku. Są bardzo rozpowszechnione, ale od roku 2014 zajmują tylko 46 procent ich historycznego zasięgu. Ich jedynymi głównymi drapieżnikami są ludzie, chociaż młode jaguary są wrażliwe na inne drapieżniki i są całkowicie zależne od swoich matek pod względem ochrony.
