Ludwik Pasteur ostatecznie obalił spontaniczne pokolenie poprzez eksperyment, w którym bulion wołowy był sterylizowany przez gotowanie w dwóch kolbach, jednej, która była wystawiona na działanie powietrza, i innej, która była z niego chroniona. Ta, która była wystawiona na działanie zanieczyszczenia zachmurzyły się, pokazując wzrost drobnoustrojów, podczas gdy uszczelnione nie.
Louis Pasteur słynie ze swojego wkładu w zrozumienie choroby i drobnoustrojów w ogóle. Proces pasteryzacji, w którym mleko, wino i inne produkty spożywcze są traktowane w celu zatrzymania zakażenia bakteriami, został odkryty i nazwany dla niego. Pasteur jako pierwszy wykazał, że fermentacja jest powodowana przez mikroorganizmy i że tlen nie jest wymagany w tym procesie.
Pasteur nie wywodził się z teorii zarazków, ale to on dostarczył wystarczających dowodów eksperymentalnych, aby przekonać większość społeczności naukowej, że to prawda. Był także pierwszym, który określił zasady szczepień i stworzył pierwsze szczepionki przeciwko wściekliźnie i wąglikowi. Odkrył te zasady po niefortunnym zdarzeniu podczas badania cholery drobiu, zwykle śmiertelnej choroby. Traktował kurczaki kulturą bakteryjną, która zepsuła się, co dawało jedynie łagodne objawy. Później nie mógł ponownie zainfekować kurczaków, nawet żywymi bakteriami.
