Istnieje wiele różnych rodzajów bakterii i każdy ma swoją własną nazwę naukową. W naukowym systemie klasyfikacji dla organizmów bakterie znajdują się w królestwie Monera. Członkowie tej grupy nie mają prawdziwego jądra.
Każda pojedyncza bakteria ma naukową nazwę. Według Departamentu Patologii Uniwersytetu Oregonu większość bakterii można podzielić na jeden z trzech rodzajów; "coccus" odnosi się do sferycznych bakterii, "bacillus" odnosi się do bakterii w kształcie pałeczki, a spirillum odnosi się do bakterii spiralnych.
Niektóre bakterie żyją samotnie, a inne są pogrupowane. Bakterie w agregatach są podzielone na kategorie w zależności od układu; "diplo" odnosi się do zestawu dwóch, "strepto" odnosi się do łańcucha, a "staphylo" odnosi się do klastra.
Inne części nazw bakterii pochodzą z obszaru dotkniętego chorobą. Na przykład "pneumo" odnosi się do płuc, więc Streptococcus pneumoniae odnosi się do kulistych bakterii, które są zgrupowane w łańcuchy i wpływają na płuca, znane również jako zapalenie płuc.
