Amerykańskie Towarzystwo Mikrobiologii nie znalazło jeszcze archebakterii, która wywołuje chorobę lub jest szkodliwe dla ludzkiego organizmu. Chociaż te mikroorganizmy mają wiele cech innych bakterii chorobotwórczych, ich wiedza jest ograniczone.
Metanogeny to jeden szczep archeonów, które znaleziono w ludzkim ciele. Pojawiają się pytania, czy są one szkodliwe czy korzystne. Trudność w izolowaniu i pielęgnowaniu tych bakterii jest jednym z powodów, dlaczego niewiele można udowodnić na ich temat. Wiadomo, że przetrwają one i rosną tylko w środowisku beztlenowym. Są jednymi z najbogatszych form życia na planecie.
