Krokodyle żyją na spokojnych i płytkich drogach wodnych, takich jak rzeki lub bagna, w klimacie tropikalnym w Azji, Afryce, Australii i obu Amerykach. Niektóre gatunki krokodyli wolą siedliska morskie, podczas gdy inne preferują słodką wodę.
Krokodyle amerykańskie i Moreletowe, występujące w rejonach Karaibów Ameryki Północnej i Środkowej, występują głównie w rzekach i bagnach, zarówno w słonej wodzie, jak i słodkiej wodzie. Amerykańskie krokodyle można znaleźć na północy, na południu Florydy.
Afrykańskie krokodyle, takie jak krokodyl o smukłych pyskach i krokodyl nilowy, preferują chronione rzeki, bagna mangrowe i słodkowodne bagna. Krokodyl nilowy występuje również w Afryce subsaharyjskiej i na Madagaskarze.