Naturalni wrogowie nietoperzy to sowy, jastrzębie, sokoły, węże i koty domowe. W Ameryce Północnej zespół grzybów z białymi nosem odniósł druzgocące żniwo w populacji nietoperzy, począwszy od 2014 roku .
Sowy nie żywią się wyłącznie nietoperzami, ale należą do głównych drapieżników nietoperzy z powodu ich nocnych nawyków. Zdolność sowy do latania w ciszy pozwala mu łatwo uchwycić latające nietoperze. Dwa gatunki ptaków drapieżnych, sokolica i jastrząb, mają dietę składającą się głównie z nietoperzy. Są to małe drapieżniki pochodzące z północnego Meksyku i części Ameryki Południowej. Często przysiadają i czekają na potencjalną zdobycz, a czasami nawet wstrząsają gałęziami, aby poderwać zdobycz. Nietoperz jastrząb jest raptorem Afryki, Półwyspu Malajskiego i Nowej Gwinei. Często odwiedza gniazda zarówno nietoperzy, jak i jerzyków, gdzie konsumuje ponad 10 zwierząt na minutę.
W niektórych częściach świata węże i koty domowe polują na nietoperze. Węże chowają się w drzewach lub przy wejściach do jaskini, aby chwycić pojawiające się nietoperze. Koty domowe czasami przyjmują nietoperze z gniazd w ciągu dnia, a nawet potrafią chwytać zwierzęta w trakcie lotu.
Od 2014 r. syndrom białego nosa jest odpowiedzialny za utratę blisko 6 milionów nietoperzy we wschodniej Ameryce Północnej od czasu jego powstania, w Nowym Jorku, w 2006 r. Choroba przerywa hibernację nietoperzy, powodując, że zwierzęta zbyt często budzą się i palić rezerwy krytyczne. Dodatkowo struktury żucia grzyba przenikają do tkanki i robią dziury w skrzydłach nietoperza.
