Nietoperze są często wykorzystywane przez inne nocne zwierzęta, takie jak sowy i jastrzębie, które potrafią latać w ciszy niewykryte i uchwycić je podczas lotu. Węże są również kolejnym dobrze zakamuflowanym drapieżnikiem nietoperzy jedzących owoce.
Nietoperze mogą być szczególnie wrażliwe na węże, gdy przebywają w domach nietoperzy, które są dostępne. Węże są wykwalifikowanymi wspinaczami z umiejętnością czekania na otwarcie jaskiń nietoperzy. Łasica, szopy, norki, a nawet niektóre ptaszniki to oportunistyczni myśliwi, którzy uważają nietoperze za smaczny posiłek.
Jednak człowiek jest największym zagrożeniem dla nietoperzy. Pułapanie, ingerencja człowieka i wynikające z tego zniszczenie siedliska zebrały żniwo. W niektórych krajach, gdzie nietoperze są uznawane za żywe źródło pożywienia, polowanie stanowi poważne zagrożenie dla populacji nietoperzy.
