Trzon mózgu kontroluje wiele podstawowych procesów cielesnych, które są niezbędne do życia. Według Brain-Guide.org, pień mózgu działa jak autopilot dla ludzkiego ciała, ponieważ reguluje takie czynności jak oddychanie, trawienie, tętno, ciśnienie krwi i pobudzenie. Dodatkowo, pień mózgu, który znajduje się na styku rdzenia kręgowego, służy jako kanał, przez który przechodzą informacje i instrukcje.
Brain-Guide.org wyjaśnia, że trzy podstawowe składniki tworzą pień mózgu. Medulla oblongata kontroluje wiele działań odruchowych. Należą do nich kaszel, połykanie i wymioty. Dodatkowo, rdzeń przedłużony służy jako system przekaźników i odgrywa dużą rolę w przenoszeniu impulsów nerwowych do iz mózgu. Wreszcie, rdzeń przedłużający kontroluje funkcje serca, oddechu i motoryczne.
Ośrodki odruchów wzrokowych i słuchowych ciała znajdują się w części łodygi mózgu zwanej śródmózgowia. Brain-Guide.org mówi, że pony, trzecia i ostatnia część pnia mózgu, zawiera ośrodek oddechowy, który kontroluje odruch oddychania organizmu. Pons służy również jako inne centrum przekaźnikowe, przenosząc impulsy do iz mózgu. Pony przenoszą wiadomości między rdzeniem przedłużonym a zaawansowanymi częściami mózgu, zwanymi wyższymi strukturami korowymi.
