Mimowolne czynności są kontrolowane przez autonomiczny układ nerwowy, którego głównym składnikiem jest część pnia mózgu nazywana rdzeniem przedłużonym. Ten system, jako podzbiór obwodowego układu nerwowego, działa poza mózg i rdzeń kręgowy i składa się ze współczulnych i przywspółczulnych układów nerwowych.
Medulla oblongata bezpośrednio kontroluje bicie serca, ciśnienie krwi, oddychanie i trawienie. Współczulny układ nerwowy kontroluje reakcję "walki lub ucieczki" organizmu, która szybko zwiększa przepływ krwi i szybkość oddychania w odpowiedzi na niebezpieczeństwo lub podekscytowanie. Przywspółczulny układ nerwowy działa odwrotnie; odwraca zmiany dokonane przez współczulny układ nerwowy, aby uspokoić ciało, chociaż jego reakcja jest wolniejsza i następuje w ciągu kilku minut.
