Jaszczurki aligatorowate są wyłącznie mięsożerne i żerują na różnych gatunkach zwierząt, obejmujących wszystko, od świerszczy i ślimaków, po żaby, kijanki, jaja ptasie, a nawet inne jaszczurki i młodsze jaszczurki aligatorowe. Są żarłocznymi myśliwymi, którzy atakują swoimi potężnymi szczękami i używają zarówno wzroku, jak i wyczucia chemicznego, aby śledzić i kontrolować zdobycz przed jej uderzeniem i pochłonięciem.
Jaszczurki aligator często polują na zachodnie skórki i inne małe gady, z którymi dzielą się siedliska. Są również znanymi kanibalami i regularnie nawołują do konsumpcji nieletnich i nowo wyklutych jaszczurek aligatorów, czasem nawet własnych młodych. Ponadto niektórzy badacze uważają, że szukają i konsumują jaja ptasie.
Owady i stawonogi stanowią duży procent diety jaszczurki aligatora. Pająki i skorpiony są regularnie żerowane, podczas gdy mniej niebezpieczne owady, takie jak świerszcze, ślimaki, lochy i stonogi są powszechnym pokarmem dla potężnej jaszczurki. Larwy i niedojrzałe nimfy są również uważane za żywotne ofiary.
Jaszczurki aligatora regularnie zrzucają skórki i mogą również zrzucić swoje ogony, jeśli zostaną zaatakowane lub wystraszone. Zrzucenie ogona może umożliwić jaszczurce ucieczkę przed drapieżnikiem lub rywalem, jaszczurka cierpi podczas odrastania, a proces regeneracji bardzo surowo obciąża ciało.
