Bakterie pomagają utrzymać zdrowie ekosystemów, rozkładając martwą materię i wykorzystując obieg składników odżywczych do postaci użytkowych. Bakterie żyją we wszystkich środowiskach i dostarczają większość tlenu na Ziemi.
Bakterie to rozkładniki rozkładające materiały organiczne w glebie. Na przykład bakterie pomagają rozkładać martwą materię, taką jak padłe drzewa, w użyteczne składniki odżywcze dla żywych organizmów w ekosystemie. Rezultatem rozkładu martwej materii jest bogatsza gleba, która jest w stanie wspierać różnorodne ekosystemy.
Bakterie zmieniają składniki odżywcze, w tym azot i węgiel, aby przekształcić składniki odżywcze w użyteczne formy. Na przykład bakterie przekształcają węgiel w dwutlenek węgla, który jest niezbędny do fotosyntezy, proces, który pozwala roślinom wytwarzać energię ze światła. Bez bakterii producenci pierwotni przestaliby przetrwać. Produkcja tlenu jest bezpośrednim wynikiem aktywności bakterii. Na przykład, cyjanobakterie, bakterie obecne w oceanach, produkują znaczną ilość tlenu dostępnego na Ziemi.
Bakterie przekształcają azot w azotany lub azotyny, które są formami azotu, których rośliny mogą używać do wzrostu. Niektóre rośliny, takie jak fasola, przechowują bakterie wytwarzające azot w swoich systemach korzeniowych, aby zapewnić prawidłowy wzrost. Bakterie również żyją wewnątrz zwierząt i są wykorzystywane przez te zwierzęta do rozbijania żywności na użyteczne składniki odżywcze. Na przykład krowy i żyrafy wykorzystują bakterie w żołądku do rozkładania materii roślinnej, dzięki czemu żywność jest łatwiejsza do strawienia, pozwalając zwierzętom na spożywanie żywności o niskiej jakości, aby przeżyć.