Archeopteryx jest zwierzęciem kopalnym, które stało się sławne, ponieważ zawierało kombinację gadzich i wyraźnie charakterystycznych dla ptaków cech, co sugerowało poparcie dla teorii doboru naturalnego Darwina. Naukowcy początkowo uznali ją za pierwszego ptaka . Dzisiaj naukowcy klasyfikują wszystkie dinozaury jako ptaki, a niektóre z cech charakterystycznych dla ptaków Archopteryksa zostały odkryte w kolejnych skamielinach zwierząt, które kiedyś uznano za całkowicie reptilianskie.
Hermann von Meyer, niemiecki paleontolog, przebadał pierwszą skamielinę Archeopteryx odkrytą w 1861 r. Skamielina była niezwykła, ponieważ wyraźnie zachowała wrażenie delikatnych piór w kamieniu. "Pochodzenie gatunków" Darwina zostało opublikowane w 1859 roku, wywołując wielką debatę i kontrowersje. Skamieniałe zwierzę badane przez von Meyera, z ustami pełnymi zębów, długim ogonem i pierzastymi, szponiastymi ramionami, wydawało się być prawdziwym brakującym ogniwem łączącym gady z ptakami. Naukowcy przyznają dziś, że w kladzie Dinosauria występuje zbyt wiele ptasich cech, aby zaklasyfikować je jako coś innego niż ptaki. Wiele dinozaurów, szczególnie tych z grupy maniraptorów, takich jak Velociraptor, miało pióra, a nawet skrzydła. W rzeczywistości maniraptory są uważane za bezpośrednich przodków ptaków, a nie Archeopteryx, który jest teraz uważany za odgałęzienie. Ptaki, które dziś widzimy, są uważane za ptasie dinozaury, podczas gdy zwierzęta takie jak Stegosaurus, który miał mniej nowoczesnych cech ptaków, nazywane są nie-ptasimi dinozaurami.
