Mimo powszechnej teorii, że Stegosaurus mógł mieć dwa mózgi, jeden w swojej głowie i jeden w kierunku ogona lub końca, ten pomysł został w dużej mierze zdyskredytowany w paleontologii. Niektórzy paleontolodzy mogą nadal trzymaj się tej teorii i staraj się znaleźć sposoby, które mogą być prawdziwe, ale ogólnie rzecz biorąc, nie jest to akceptowany pomysł.
Naukowcy od dawna zakładali, że Stegosaurus musiał mieć stosunkowo niewielki mózg w stosunku do jego wielkości, co może być źródłem dwóch mitów dotyczących mózgu. Jednak nie ma dowodów na poparcie tego, że dinozaur miał oddzielny mózg, aby kontrolować jego połowę.
