Pingwin cesarski znajduje się w górnej części łańcucha pokarmowego, żywiąc się rybami, krylem i kalmarami. Tylko duże ssaki morskie żywią się pingwinem cesarskim, w tym rekinami.
Pingwin cesarski jest zwinny i silny w wodzie, oba te cechy sprawiają, że jest dobrym drapieżnikiem. Jest to wielki nurek, który potrafi nurkować głębiej niż inne ptaki; Rekordy nurkowania pingwina cesarza sięgają 1750 stóp. Pingwin cesarski zwykle spędza około pięciu minut pod wodą i nurkuje tylko kilkaset stóp pod powierzchnią. Ten pingwin może pływać szybko, gdy nurkuje dla zdobyczy.
