Organizmy prokariotyczne dzielą się na dwie domeny: bakterie i archeony, które zawierają autotrofy i heterotrofy. Niezależnie od domeny, prokarioty mają wspólne cechy bycia jednokomórkowymi organizmami, które są najmniejsze i najprostsze w składzie i struktura wszystkich organizmów. Prokarionty dzieli się dalej na grupy w obrębie ich domen; obie grupy zawierają heterotrofy i autotrofy oraz różne gatunki.
Prokariota dzieli się na dwie grupy w zależności od tego, w jaki sposób uzyskują składniki odżywcze, które są metodami autotroficznymi i heterotroficznymi. Autokroficzne prokarioty to te, które uzyskują pożywienie poprzez samo ich wytworzenie: organizmy te wykorzystują przede wszystkim proces fotosyntezy, który polega na absorbowaniu światła słonecznego i przekształcaniu go w energię użyteczną, w celu produkcji żywności. Te prokarioty mogą również czerpać energię z nieorganicznych substancji chemicznych i są określane jako organizmy chemosyntetyczne. Cyjanobakterie, według SUNY, to typy prokariotów, które wykorzystują fotosyntezę do produkcji żywności. Podczas gdy niektóre prokarioty wytwarzają własne pożywienie dla energii, inne uzyskują składniki pokarmowe poprzez spożywanie cząstek pokarmu i materii organicznej. Organizmy te, zwane heterotroficznymi organizmami prokariotycznymi, są głównie tlenowe i obejmują trzy odrębne gatunki. Te typy heterotrofów to: organizmy saprotroficzne, pasożytnicze i mutualistyczne. Organizmy saprotroficzne są organizmami rozkładającymi; ta grupa obejmuje większość heterotrofów. Pasożyty czerpią pokarmy z gatunków żywicieli, zwykle w sposób drapieżny, a mutualistyczne heterotrofy angażują się we wzajemnie korzystne relacje z innymi gatunkami w celu uzyskania i wymiany żywności i wody.
