Nonpatogeny są zwykle nieszkodliwymi mikroorganizmami, które zamieszkują żywy organizm, takimi jak Staphylococcus aureus i candida. Niektóre drobnoustroje niepatogenne to bakterie, które mogą być korzystne dla organizmu ludzkiego, takie jak bakterie kwasu mlekowego. Większość niepatogennych bakterii, laktokoków i bakterii kwasu mlekowego pochodzi z żywności, takiej jak produkty mleczne, mięso i niektóre warzywa. Są one również znane jako bakterie Gram-dodatnie i probiotyki.
Z drugiej strony, patogeny to bakterie, zarazki, pasożyty i wirusy, które powodują infekcje i choroby. Jednak od końca XIX wieku toczy się debata na temat tego, jak nieszkodliwe są niektóre bakterie niepatogenne. Według BMC Biology ten sam mikrob może istnieć w stanach chorobotwórczych i niepatogennych. U osobnika z niedoborem odporności, niepatogenny drobnoustrój może stać się oportunistycznym patogenem, aktywując złe geny w drobnoustrojach, które mogą następnie wywoływać poważne choroby.Od 2014 r. naukowcy kontynuują badania nad przyczynami, które mogą sprawić, że niepatogen stanie się mikrobem patogenów. Mikroorganizmy patogenne często rozwijają się, aby stać się oporne na antybiotyki. Według BMC, antybiotyki i chirurgia sprawiają, że osoba jest bardziej wrażliwa i może wywołać rozwój patogennego drobnoustroju wywołującego infekcje lub choroby. Staphylococcus to drobnoustrój, który często staje się patogenem wywołującym zakażenia szpitalne.
