Zagnieżdżona reakcja łańcuchowa polimerazy lub Nested PCR, jest zmianą standardowej reakcji łańcuchowej polimerazy mającej na celu ograniczenie zanieczyszczenia. CLCSupport wyjaśnia, że zanieczyszczenie występuje w wyniku nieokreślonego wiązania w obrębie produktów. .
Takie wiązanie występuje, gdy nieoczekiwane miejsca wiązania startera są amplifikowane. Nazywa się to błędnym wychwyceniem. Ideą nestingu, jak wyjaśnia Narodowe Centrum Informacji Biotechnologicznej, jest spojrzenie na zewnętrzne części łańcuchów polimerazy na duże fragmenty. Fragmenty te zawierają oczekiwane małe fragmenty i mogą być wzmacniane bez wywoływania niejednoznaczności. Gdy zewnętrzne fragmenty zostaną wzmocnione, wewnętrzne mogą zostać wzmocnione przy znacznie mniejszym zanieczyszczeniu.
