Jest tylko jeden udokumentowany drapieżnik szmaragdowych boa to guantanowate orły. Jednak wiele innych ptaków drapieżnych, takich jak orły harpii, z pewnością potrafi zabić i zjeść boa. Dodatkowo duże koty, takie jak jaguary, prawdopodobnie jedzą szmaragdowe boa, kiedy je znajdą.
Podstawowymi sposobami, dzięki którym szmaragdowe drzewa boa chronią się przed drapieżnikami, są ich niesamowity kamuflaż, nawyki nadrzewne i cykl aktywności nocnej. Szmaragdowe boa są koloru głębokiej zieleni, ale mają również zaznaczone białe, żółte, szare i niebieskie znaki. Zielone zabarwienie pomaga wężom wtopić się w zielone liście baldachimu lasu deszczowego, podczas gdy kolorowe oznaczenia pomagają zerwać zarysy węży. Spędzając większość dnia śpiąc, zwinięty wokół gałęzi, szmaragdowe budzą się po zmroku, by polować. Zaatakowane przez drapieżnika boa szmaragdowe przywiązują się energicznie do swojej gałęzi i energicznie uderzają.
Boa drzewa szmaragdowego mają odpowiednią widoczność, ale głównym sposobem wykrywania drapieżników jest zapach. Używając rozwidlonych języków, szmaragdowe boa mogą wyczuć drapieżniki, nawet zanim znajdą się wystarczająco blisko, by je zobaczyć. Szmaragdowe drzewa boa wykorzystują również doskonały węch do lokalizowania, śledzenia i chwytania ofiar, takich jak gryzonie i żaby.
