Lekarze zazwyczaj leczą rzęsistkowicę pojedynczą dawką metronidazolu lub tinidazolu, zgodnie z Centers for Disease Control and Prevention. Te leki to doustne antybiotyki. Ponieważ mogą wystąpić nieprzyjemne skutki uboczne, osoby powinny unikać alkoholu przez 24 godziny po zażyciu tych leków.
Po leczeniu rzęsistkowicy, około 20 procent ludzi doświadcza kolejnej infekcji w ciągu trzech miesięcy, wyjaśnia CDC. Aby zmniejszyć ryzyko nawrotu infekcji, osoby z rzęsistkowicą nie powinny odbywać stosunku płciowego do czasu ustąpienia wszystkich objawów. Ponadto osoby z rzęsistkowicą powinny upewnić się, że ich partnerzy seksualni są leczeni z powodu infekcji. W przypadku pozostawienia bez leczenia rzęsistkowica może utrzymywać się przez miesiące lub lata.