Kojoty nie są drapieżnikami i mają wrogów. Wilki często odlatują lub zabijają kojoty, które atakują ich terytorium, więc kojoty unikają obszarów, w których żyją wilki. Rolnicy i farmerzy często uważają kojoty za uciążliwe i aktywnie eksterminują kojoty, a niektórzy ludzie polują na kojoty dla rekreacji.
Historycznie, kojoty unikały miejsc, w których żyły wilczaki. Jednak od zdziesiątkowania wilków w większości ich historycznego zasięgu, kojoty znacznie rozszerzyły swój zasięg. Kojoty występują teraz częściej na obszarach leśnych i górzystych, podczas gdy wcześniej te regiony były zdominowane przez wilki. Kojoty rozszerzyły się także na bardziej miejskie obszary, w których karmione są śmieciami i zwierzętami domowymi.
