Prokarionty nie mają mitochondriów. Prokariot jest komórką, która nie zawiera struktur związanych z błoną, zwanych organellami. Mitochondrium jest organelle, ale ponieważ prokarioty nie mają organelli, nie mają mitochondriów.
Prokarionty mogły być prekursorami mitochondriów. The Fossil Musuem zauważa, że zgodnie z teorią endosymbiozy dr Lynn Margulis pewna bakteria mogła pochłonąć kolejną bakterię i wcielić ją w organizm symbiotyczny. Z czasem pochłonięta bakteria stała się całkowicie zależna od komórki gospodarza, aby przeżyć. Układ był korzystny dla obu gatunków, więc zinternalizowane bakterie zostały zreplikowane i przekazane późniejszym pokoleniom. Stało się to początkiem komórki eukariotycznej i organelli.
