Chociaż krzem pierwiastkowy jest obojętny i nie jest z natury niebezpieczny, niektóre przetworzone formy tego pierwiastka mogą powodować negatywne skutki zdrowotne. Krystaliczny krzem podrażnia oczy i powoduje stan zapalny skóry w kontakcie, podczas gdy wdychanie substancji pogarsza błony śluzowe układu oddechowego.
Badania sugerują, że regularna ekspozycja zawodowa na krystaliczny krzem i krzemionkę prowadzi do raka płuc, zapalenia oskrzeli, przewlekłego zaburzenia przepływu płucnego i rozedmy płuc. Dodatkowo, ekspozycja na krzemionkę jest związana z zaburzeniami autoimmunologicznymi i nerkowymi, jak również ze wzrostem zakażeń mykobakteriami. Wiele ról zawodowych jest narażonych na ryzyko regularnego narażenia na krzem, w tym górników, pracowników ceramiki, twórców cegieł i inne osoby pracujące w przemyśle mineralnym.
