Bakterie zajmują własną domenę życia. Domena Eubacteria jest niezwykle różnorodna i obejmuje nie mniej niż 30 różnych rodzajów, zgodnie ze schematem klasyfikacji LSPN. Ze względu na chęć, z jaką bakterie wymieniają geny między barierami gatunkowymi poprzez boczne transfery genów, twarde klasyfikacje według linii są trudne do ustalenia z pewnością.
Taksonomi dzielą życie na główne podporządkowania, głównie domenę, królestwo, rodzaj i klasę. Bakterie należą do domeny Eubacteria, która jest jedną z trzech domen życia na Ziemi. Według Wikipedii stare oznaczenie bakterii, Prokaryota, może być używane tylko do odróżnienia bakterii i archeów od roślin, zwierząt i grzybów Eukaryota, a zatem ma ograniczoną wartość. W obrębie Eubacteria organizmy są pogrupowane w gromadę i klasy, chociaż te poziomy klasyfikacji zostały opracowane dla eukariontów i nie mogą uwzględniać częstotliwości, z jaką bakterie handlują materiałem genetycznym.
Tradycyjne linie filogenezy zaczynają się rozkładać na poziomach poniżej klasy, ponieważ bakteryjne "gatunki" rzadko występują w izolacji genetycznej, zauważa Wikipedia. Klasyfikacja na niższym poziomie staje się w dużej mierze kwestią opinii, ponieważ zasada podobieństwa większości do identyfikacji gatunku bakterii, jeśli zostanie zastosowana do ssaków, będzie grupować ludzi, małpy człekokształtne i małpy razem jako pojedynczy "gatunek".
