Oddychanie komórkowe występuje zarówno w cytoplazmie, jak i mitochondriach komórek eukariotycznych. Na ogół pełny proces oddychania komórkowego składa się z dwóch głównych części: glikolizy w cytoplazmie i cyklu kwasu cytrynowego w mitochondria.
Oddychanie komórkowe to proces wykorzystywania zmagazynowanej energii, zwykle w formie glikogenu, i tworzenia trójfosforanu adenozyny (ATP), formy energii, z której mogą korzystać wszystkie komórki. Proces rozpoczyna się od glikolizy, w której uwalniany jest glikogen i przechodzi serię etapów w celu uwolnienia 2 ATP na cząsteczkę glukozy. Produkty uboczne glikolizy są wykorzystywane do rozpoczęcia cyklu kwasu cytrynowego, który wytwarza kolejne 32 cząsteczki ATP.