Enzymy dzieli się na sześć typów: oksydoreduktazy, transferazy, hydrolazy, liazy, izomerazy i ligazy. Klasyfikacja enzymów opiera się na reakcji chemicznej, którą enzym katalizuje.
Enzymy sklasyfikowane jako oksydoreduktazy prowadzą reakcje utleniania i redukcji, dzięki czemu jeden substrat jest utleniany, a inny ulega redukcji. Transferazy przenoszą grupy funkcyjne z jednej cząsteczki na drugą. Hydrolazy rozrywają pojedyncze wiązania między atomami przez dodanie cząsteczki wody. Lyazy przenoszą grupy aminowe, wodę lub amoniak, tworząc lub usuwając podwójne wiązanie w cząsteczce. Izomerazy zmieniają pozycję grup funkcyjnych tak, że substrat i produkt są między sobą izomerami, co oznacza, że zawierają one taką samą liczbę atomów. Wreszcie, ligazy katalizują reakcje chemiczne poprzez usunięcie cząsteczki wody w celu utworzenia pojedynczych wiązań.
