Mężczyźni posiadają zewnętrzne genitalia (penis, mosznę i jądra) do produkcji i dostarczania nasienia, a kobiety posiadają wewnętrzne narządy płciowe (pochwę, macicę i jajniki) do produkcji jaj i rozwoju ludzkich embrionów. Większość różnic fizjologicznych między mężczyznami i kobietami wynika z różnic w systemach endokrynologicznych w krytycznych okresach rozwoju, takich jak wzrost płodu i okres dojrzewania.
Funkcje systemów hormonalnych u mężczyzn i kobiet prowadzą do innych różnic fizjologicznych w ciągu życia. Na przykład mężczyźni produkują bardziej kurczy i widoczny rodzaj mieszków włosowych, nazywanych terminalnymi włosami na klatce piersiowej, brzuchu, twarzy i plecach. Kobiety jednak wytwarzają drobniejszy mieszek włosowy zwany włosami vellus w mniejszej części ciała. Produkcja hormonów w układzie hormonalnym jest również częściowo odpowiedzialna za rozwój i różnice w łysieniu typu u mężczyzn i kobiet.
Duże różnice występują również w układach szkieletowych i mięśniowych u mężczyzn i kobiet. Zazwyczaj mężczyźni mają gęstsze, mocniejsze ścięgna, więzadła i kości niż kobiety, a mężczyźni na ogół mają więcej masy mięśniowej. Prowadzi to do różnic w sile fizycznej i procesach metabolicznych związanych z wydatkami i przechowywaniem kalorii. Dla porównania kobiety zazwyczaj posiadają szkielet, który jest mniej wytrzymały i ma bardziej gładką strukturę niż ta, którą można znaleźć u mężczyzn.
