Wszystkie zbiorniki wodne na ziemi są biomami wodnymi. Wodne biomy są największym ze wszystkich biomów, ponieważ woda pokrywa około trzech czwartych powierzchni planety i są one podzielone na dwie główne kategorie: morską i słodką.
Biommy morskie są słonowodne i obejmują oceany, estuaria i rafy koralowe. Te biomy zawierają niezliczone gatunki zwierząt i roślin. Większość tlenu na świecie pochodzi z alg występujących w regionie morskim. Oceany są największym biom morskim. Biomy oceaniczne dzielą się na cztery podkategorie: międzywymiarowe, pelagiczne, głębinowe i bentoniczne. Rafy koralowe znajdują się w płytkich i ciepłych wodach morskich. Estuaria powstają, gdy słodka woda wpływa do słonej wody, co powoduje zróżnicowany ekosystem wodny.
Biomy słodkowodne obejmują jeziora, rzeki, stawy, bagna i mokradła, które zawierają niższe stężenie soli niż biomy morskie. Jeziora i stawy są znacznie mniejsze niż oceany i stanowią tylko ułamek gatunków, które można znaleźć w oceanach. Te części wód są podzielone na dwie podkategorie biomów: strefę litoralną i strefę wapienną.
Mokradła obejmują polany, mokradła i bagna. Są to na ogół bardzo duże zbiorniki wodne, w których występuje duża różnorodność roślin wodnych i zwierząt. Rzeki i strumienie są również częścią biomy słodkowodnej. Ponieważ te akweny ciągle się poruszają, gatunki roślin i zwierząt są niezwykle różnorodne i różnią się w zależności od warunków i temperatury wody.
