Elektroforeza jest ważna, ponieważ służy do oddzielania makrocząsteczek, takich jak DNA, RNA i białka. Żele, które są wytwarzane z poliakryloamidu, zazwyczaj stosuje się do oddzielenia DNA i białek w oparciu o ich różne rozmiary. Białka są również rozdzielane na podstawie ich różnych ładunków.
Kiedy do oddzielenia cząsteczek DNA używa się elektroforezy, znanej również jako elektroforeza żelowa, roztwór molekuł umieszcza się w żelu. Cząsteczki ujemnie naładowane DNA są przeciągane przez żel przez pole elektryczne. Cząsteczki DNA, które są małe, poruszają się szybciej w żelu niż duże cząsteczki DNA. Ruch cząsteczek przez żel tworzy serię pasm. Każdy pas jest podzielony na cząsteczki DNA o określonej wielkości. Pasma znajdujące się najdalej od początku żelu zawierają najmniejsze fragmenty DNA, podczas gdy te znajdujące się najbliżej początku żelu zawierają największe fragmenty DNA.
Elektroforeza służy do oddzielania fragmentów DNA w celu pobrania odcisków palców DNA do celów kryminalistycznych, testów na ojcostwo, sprawdzania reakcji PCR i poszukiwania ewolucyjnych związków między organizmami. Proces ten jest również używany do testowania i lokalizacji genów związanych z konkretną chorobą i do rozróżniania próbek materiału genetycznego.
