Federaliści sprzeciwili się wojnie w 1812 roku, ponieważ polityka partii przeciwnej, która wypowiedziała wojnę, kierowana przez Thomasa Jeffersona, a później na czele z Jamesem Madisonem, doprowadziła federalistyczną twierdzę Nowej Anglii do granic nędzy. Embargo Thomasa Jeffersona na amerykańską wysyłkę, zamiast chronić amerykańskie statki i marynarzy, spowodowało masowe bezrobocie, zamknięcie banków i stworzyło wirtualne zastój w handlu.
Demokratyczno-republikańscy demokraci Jamesa Madisona wypowiedzieli wojnę z Anglią nie tylko po to, by złagodzić problem z transportem morskim, ale by dać państwom zachodnim i terytoriom możliwość przejęcia ziemi z Kanady. Nawet po ogłoszeniu przez Kongres wojny o niepodległość, państwa federalistyczne nadal sprzeciwiały się temu, odmawiając zezwolenia na udział państwowej bojówki w wysiłku wojennym. Oskarżyli Madison o korupcję i chęć stworzenia sojuszu z Napoleonem Bonapartem. Z drugiej strony, Demokratyczno-Republikanie oskarżyli Federalistów o chęć podzielenia narodu i dostosowania go do Anglii. Niektórzy gubernatorzy Nowej Anglii otwarcie potępili wysiłek wojenny.
W grudniu 1814 r. delegaci z wielu stanów Nowej Anglii zgromadzili się na Konwencji Hartford, aby przedyskutować rozwiązania dylematu podziału. Jednak zanim przedstawiciele konwencji przybyli do Waszyngtonu z listą proponowanych poprawek do konstytucji, podpisano z Wielką Brytanią traktat pokojowy i wojna się skończyła. Potem partia federalistyczna odmówiła i ostatecznie zniknęła.
