John Hagee napisał w liście z 1975 do swego zboru, że był winny niemoralności, po czym rozwiódł się z żoną Marthą Downing. Dokładna niemoralność nie jest znana. Poślubił Dianę Castro, członka jego zboru, 12 kwietnia 1976 roku. Ponowne małżeństwo zaraz po rozwodzie doprowadziło do zarzutów, że miał romans podczas jego małżeństwa.
Hagee poślubił Downinga w 1960 roku, a para miała dwoje dzieci. Hagee był pastorem w Trinity Church w San Antonio, ale krytyka z jego rozwodu spowodowała, że zrezygnował.
Hagee ma troje dzieci z Castro, imieniem Matthew, Christina i Sandy. Hagee i jego dzieci z Castro to także muzycy, którzy występowali razem jako The Hagees.
11 maja 1975 r. Hagee założył nowy kościół pod nazwą The Church at Castle Hills. Mimo, że miał tylko 25 członków, szybko się rozrósł, prowadząc do dwóch ekspansji. Pierwszy był sanktuarium z 1600 miejscami, a drugi był sanktuarium z 5000 miejsc. Hagee nazwał drugi kamień węgielny jako sanktuarium. Jego syn, Matthew, później przejął funkcję pastora wykonawczego kościoła.
Hagee napisał książki, a liczne religijne stacje telewizyjne transmitują jego kazania. Założył także organizacje religijne.
