Ze względu na jego związek z członkami Katipunan, Jose Rizal został uznany za jednego z jego założycieli i był sądzony za bunt, bunt i spisek przed sądem wojskowym. Rizal był już na Morzu Śródziemnym, kiedy został aresztowany w drodze i wrócił do Manili na rozprawę. Został skazany za wszystkie trzy zarzuty. Został skazany na śmierć i został zesłany do Dapitanu w 1893 roku.
Rizal został aresztowany przez władze hiszpańskie z kilku powodów, między innymi przez założenie społeczeństwa, wydawanie książek i gazet, które rozpowszechniły buntownicze i wywrotowe idee, posiadając pakiet ulotek naruszających hiszpańskie rozkazy, krytykując religię rozpowszechnianą przez Hiszpanie i rozprzestrzenianie się obstrukcji na Filipinach.
Chociaż Rizal został wysłany do Dapitana jako więzień, jego lata pobytu w prowincji były jednym z najbardziej owocnych okresów jego kariery jako lekarza, rolnika, biznesmena, inżyniera, nauczyciela, naukowca i lingwisty. Wykorzystał pozostałe dni w Dapitanie, aby poprawić swoje umiejętności literackie i artystyczne. Również w Dapitanie Rizal poznał i poślubił Josephine Bracken, córkę emerytowanego inżyniera z Hong Kongu. Obaj mieli jednego syna, który zmarł krótko po urodzeniu.