Uruchomienie i zatrzymanie kodonów jest ważne, ponieważ informują one maszynerię komórkową, gdzie rozpocząć i zakończyć translację, proces tworzenia białka. Kodon start także ustawia ramkę odczytu nici DNA, wskazujące, że każda trójka po tym punkcie koduje określony aminokwas.
Rozpoczynające i zatrzymujące kodony znajdują się zarówno na oryginalnej nici DNA w jądrze komórki, jak i na nici RNA informacyjnego, która służy jako szablon białkowy. MRNA, który odpowiada swoistemu genowi na nici DNA, syntetyzuje się w jądrze przy użyciu antysensownej nici DNA jako wskazówki co do kolejności kodonów. Ta nić mRNA następnie wędruje do rybosomu w jądrze komórkowym, gdzie odbywa się montaż białek.
W większości organizmów jedynym kodonem startowym jest ATG, trójka złożona z zasad DNA: adeniny, guaniny i tyminy. ATG koduje również metioninę aminokwasu znajdującą się w środku genu. W szablonie mRNA, ATG jest zastąpione przez AUG, ponieważ uracyl zasady pojawia się zawsze zamiast tyminy w RNA.
Kodony stop występują w trzech różnych formach: TGA, TAG i TAA. W RNA te trzy kodony pojawiają się jako UGA, UAG i UAA. W przeciwieństwie do kodonu start, żaden kodon stop nie koduje aminokwasu.
