Nie można zobaczyć mikroorganizmu bez użycia mikroskopu. Nie można również poczuć smaku lub zapachu drobnoustrojów, takich jak bakterie w zanieczyszczonym pożywieniu. Jednak możesz wyczuć zapach bakterii metabolizujących pot. Infekcje grzybicze paznokci powodują również nieprzyjemny zapach.
Podczas gdy wszystkie bakterie i archeony są mikroorganizmami, tylko niektóre grzyby i algi są. Niektóre zwierzęta, takie jak wrotki i prawie wszystkie pierwotniaki, są mikroskopijne. Maleńkie organizmy żyją w glebie, atmosferze, na dnie oceanu i głęboko w skałach. Mikroorganizmy wspomagają rozkład w procesie recyklingu składników pokarmowych w ekosystemach. Mikroorganizmy znajdujące się w powietrzu mogą mieć wpływ na opady i warunki atmosferyczne. Inne są aktywne w obiegu azotu.
