Prezydent Lincoln zawiesił księgę habeas corpus w celu ochrony bezpieczeństwa publicznego i zmniejszenia możliwości buntu. W Maryland było wielu ludzi sympatyzujących z armią Konfederacji. Maryland była strategicznie ważna, ponieważ wszystkie lądowe linie zaopatrzeniowe i komunikacyjne przebiegały przez Baltimore.
Prezydent Abraham Lincoln wydał rozkaz generała Winfielda Scotta w dniu 27 kwietnia 1861 r. jako środek ochrony wrażliwych linii kolejowych. Lojalność Maryland wobec rządu federalnego była niepewna, a prezydent nakazał aresztowanie kilku członków legislatury stanu Maryland, którzy mieli sympatie Konfederatów.
John Merryman z Cockeysville w stanie Maryland został aresztowany za rekrutację i szkolenie żołnierzy Konfederacji. Adwokat Johna Merryma złożył wniosek do sądu federalnego o wydanie habeas corpus, a zeznania zostały wydane przez Sędziego Głównego Rogera Brooke Taney. Jego polecenie stawienia się przed sądem zostało zignorowane przez oficerów wojskowych, którzy przetrzymywali więźnia Johna Merrymana. Główny sędzia Taney uznał zawieszenie za niezgodne z konstytucją, kiedy wydał opinię, twierdząc, że tylko Kongres ma prawo do zawieszenia nakazu habeas corpus. Prośba prezydenta Lincolna z 24 września 1862 r. Rozszerzyła wcześniejszy porządek zawieszenia o każde państwo w kraju i pozwoliła na aresztowanie każdego, kto był krytyczny wobec wysiłków wojennych Unii, w tym redaktorów gazet. Oprócz ochrony strategicznie wrażliwych obszarów, zawieszenie nakazu pozwoliło również rządowi na wypróbowanie osób w sądzie wojskowym.
