Dowódcą armii konfederatów był generał Robert E. Lee. Lee pierwotnie otrzymał dowództwo armii Unii przez prezydenta Lincolna, ale odrzucił ofertę, ponieważ nie chciał walczyć z innymi Wirginami.
Generał Robert E. Lee był życiowym oficerem wojskowym. Uczęszczał do Akademii Wojskowej Stanów Zjednoczonych w West Point i ukończył drugi w swojej klasie. Po odrzuceniu propozycji prezydenta Lincolna o przewodzeniu armii Unii, Lee wstąpił do nowo utworzonej Armii Konfederatów, gdy Virginia odłączyła się od Stanów Zjednoczonych. Próbował wielokrotnie zaatakować Północ, ale ostatecznie nie udało mu się. W 1865 Lee poddał się generałowi Ulyssesowi S. Grantowi przy sądzie Appomattox, aby zakończyć wojnę secesyjną.
