Małpy pająkowe są zagrożone głównie z powodu utraty siedlisk i polowań. Ich powolne tempo reprodukcji sprawia, że są podatne na zagrożenia, ponieważ samica pająka ma tylko jedno dziecko co dwa do czterech lat.
Utrata siedlisk małp pająków ma miejsce z powodu wyrębu lasów, a także oczyszczania w celu wykorzystania gruntów, takich jak rolnictwo typu "slash-and-burn", hodowla bydła i komercyjne rolnictwo dla upraw takich jak kawa, kakao i soja. Plantacje drewna zastępują miejscowe lasy. Wydobywanie boksytu, gliny, granitu i piasku powoduje wylesianie, erozję i zanieczyszczenie zasobów świeżej wody. Nielegalne zbieranie palm rozkłada całe drzewka palmowe. Autostrady, pola uprawne i obszary miejskie zakłócają siedliska, a ponieważ preferują stary wzrost i unikają obszarów zaburzonych, małpy pająkowe nie reagują dobrze na rozdrobnienie siedlisk. Na niektórych obszarach małpy pająków są polowane na sport i jedzenie. Są również chwytane za handel zwierzętami.
Od 2014 r. wysiłki zmierzające do ochrony małp pająków obejmują badania dotyczące wielkości i statusu obecnych populacji, skuteczności obszarów chronionych i zasięgu kłusownictwa. Wiele parków narodowych, parków państwowych i obszarów ochrony środowiska powstało w krajach Ameryki Południowej, takich jak Brazylia, Kolumbia, Ekwador, Peru i Wenezuela. Jednak na niektórych obszarach obecność powstańców politycznych i wojskowych, a także brak strażników parków utrudnia egzekwowanie prawa.
