Jod jest często używany do barwienia komórek cebuli przed badaniem mikroskopowym w celu zwiększenia widoczności komórek. Wiele komórek, w tym cebula i inne warzywa, są często przezroczyste. Kiedy niepokryte komórki są oglądane pod mikroskopem, światło przechodzi bezpośrednio przez różne struktury komórek, ujawniając niewiele szczegółów. W przeciwieństwie do tego, gdy stosuje się jod lub inne barwniki, komórka absorbuje barwnik w różnych organellach i strukturach, co blokuje światło i pozwala obserwatorowi wykryć szczegóły komórki.
Jod nie jest jedynym barwnikiem stosowanym w badaniach mikroskopowych. Jod, barwniki spożywcze, zieleń malachitowa i błękit metylenowy są powszechnymi i łatwo dostępnymi barwnikami. Zieleń malachitu i błękit metylenowy są dostępne w specjalistycznych sklepach akwarystycznych, ale barwniki jodu i żywności są dostępne w większości sklepów drogeryjnych i sklepów spożywczych.
Różne typy struktur komórkowych działają lepiej z różnymi barwnikami. Z tego powodu naukowcy mogą stosować barwnik dostosowany do konkretnych organelli. Ponadto naukowcy mogą stosować wiele barwników, które wyróżniają wiele różnych części komórki roślinnej lub zwierzęcej. Naukowcy muszą zawsze zachować ostrożność, ponieważ barwniki nie tylko wybarwiają komórki. Mogą również zabarwić ręce i skórę naukowców.
