Hipopotamy są zagrożone głównie dlatego, że kłusownicy polują na ich mięso i kość słoniową w zębach. Inne zagrożenia to utrata siedlisk spowodowana ingerencją osadnictwa ludzkiego i zmianą kierunku przepływu wody rzecznej dla rolnictwa.
Mięso hipopotamów jest sprzedawane na czarnym rynku jako przysmak. Handel kością słoniową hipopotam gwałtownie wzrósł po międzynarodowym zakazie handlu kością słoniową w 1989 roku. Chociaż większość populacji hipopotamów zamieszkuje obszary chronione, takie jak parki narodowe, obszary chronione, rezerwaty i rezerwaty zwierząt, kłusownicy polują na hipopotamy w rejonach niepokoje lub egzekwowanie prawa są minimalne. Na przykład w 1970 roku, Frankfurt Zoological Society oszacowało populację hipopotama w Parku Narodowym Virunga w Demokratycznej Republice Konga na około 30 000. Podczas Drugiej Wojny Kongo, która trwała od 1998 do 2003 roku, żołnierze kongijscy, rebelianci Mai-Mai i inne grupy milicji masowo masakrowali hipopotamy, tak że do 2006 roku w parku pozostało tylko około 600.
Zwiększone osiedla ludzkie i rozwój w pobliżu obszarów słodkowodnych zamieszkałych przez hipopotamy powodują starcia między hipopotamami a ludźmi, ponieważ hipopotamy są z natury niezwykle agresywnymi zwierzętami. Ludzie następnie podejmują działania odwetowe, dokonując uboju populacji hipopotamów. Kiedy poziomy rzek i mokradeł upadają z powodu nawadniania pól uprawnych, negatywnie wpływa to na siedliska hipopotamów. Problem nasila się w czasach suszy.
