Odkąd odkryto, w 1757 roku, ameby znaleziono w prawie każdym możliwym do wyobrażenia środowisku wodnym. Są endemiczne w słodkiej wodzie, słonej wodzie, rzekach, potokach i strumieniach. Niektóre ameby można znaleźć w porannej rosie, podczas gdy inne są pasożytami i żyją w ciałach innych organizmów.
Tam, gdzie żyją w stojących częściach wody, ameby gromadzą się w pobliżu dna w błocie lub w jego pobliżu. To powinowactwo do mokrego osadu przenosi się na ameby ziemne, które żyją w wilgotnej glebie. Gdy ich środowisko wysycha lub w inny sposób staje się wrogie, wiele gatunków ameby reaguje tworząc torbiel i hibernuje, aż do poprawy warunków.
