Aligatory mogą pozostawać pod wodą nawet do 24 godzin, jeśli tego potrzebują, chociaż większość pozostaje zanurzona przez 20 do 30 minut. Ciało aligatora jest specjalnie opracowane, aby pozostać pod wodą, jeśli okoliczności wywołują za to.
Aligator doskonale kontroluje i spowalnia tętno. Aligatory nie są wyposażone w skrzela, więc nie oddychają pod wodą. Kiedy aligator schodzi pod wodę, klapa zamyka uszy i nozdrza. Dzięki temu więcej krwi i tlenu dotrze do ważnych narządów, nawet jeśli aligator nie oddycha.
