Jądro pośrednio kontroluje to, co dzieje się w lizosomie, wytwarzając DNA, które jest kopiowane do białka, które następnie wiąże się z DNA, który buduje lizosomy. Lizosomy, małe wypełnione enzymem worki, są odpowiedzialne za trawienie obcych cząstek lub nadmiaru cząsteczek w komórce. Ten pierwszy rodzaj DNA ma zdolność aktywowania pewnych genów w DNA budującym lizosom, dzięki czemu kontroluje cechy i funkcje lizosomów.
Gen kontrolujący produkcję lizosomu w jądrze nazywa się TFEB. Jeden gen TFEB może wytwarzać wiele zduplikowanych białek, z których każdy wiąże się z nowymi genami pracowników i aktywuje je. Wewnątrz samego jądra białka, zwane czynnikami transkrypcyjnymi, są odpowiedzialne za aktywację TFEB. Przekształcają go z DNA w RNA, który można skopiować do białka. Jądro ma zatem kontrolę nad tym, ile białek tworzących lizosom jest wytwarzanych i jak szybko. Według Science Magazine, jeśli istnieje nadprodukcja genu TFEB, istnieje również nadprodukcja lizosomów.
Enzymy znajdujące się w lizosomach są wytwarzane nie przez jądro, ale przez organelle zwane aparatem Golgiego. Enzymy te są zdolne do trawienia białek, cukrów, tłuszczów i innych lipidów, kwasów nukleinowych i szkodliwych bakterii spoza komórki.
